Buchhaltungssoftware für den Online Shop: 7 Optionen für Shopify, von B2C bis B2B

Vor ein paar Wochen schrieb uns ein Gründer: In ein paar Wochen geht sein Shopify-Shop online, erst für Privatkunden, vielleicht später auch für Firmen. Welches Tool soll er für Steuern und Rechnungen nehmen? Die ehrliche Antwort ist keine Produktempfehlung, sondern eine Gegenfrage: Wo steht dein Shop in zwei Jahren? Wer nur auf den Start schaut, landet beim Tool-Hopping. Erst ein Rechnungsprogramm, dann eine Buchhaltungssoftware, dann ein Wechsel mitten im Jahr, weil OSS, der erste Firmenkunde oder die Kanzlei etwas verlangen, das das alte Tool nicht kann.

Für Gründerinnen und Gründer, die einen Shopify-Shop als Einzelunternehmen, UG oder GmbH starten, zuerst an Privatkunden verkaufen und B2B später nicht ausschließen. Du bekommst sieben Kriterien, eine Entscheidungsmatrix nach Shop-Stufe mit Buchungsbeispiel in SKR03 und SKR04 und sieben Optionen mit Preisen, Stand Oktober 2026. Den allgemeinen Vergleich ohne Shop-Bezug findest du in unserem Buchhaltungssoftware Vergleich.

Welche Buchhaltungssoftware braucht ein Shopify-Shop?

Ein Shopify-Shop braucht zwei Bausteine: eine Rechnungsstellung, die zu jeder Bestellung eine korrekte Rechnung erzeugt, und eine Buchhaltungssoftware, die Bestellungen, Shopify-Payments-Auszahlungen, Gebühren und weitere Zahlungswege getrennt übernimmt. Beides kann in einem Tool laufen oder in zwei. Entscheidend ist, ob die Software OSS, B2B-Rechnungen, E-Rechnung und den Zugang deiner Kanzlei abdeckt.

Shopify ist dein Shop, kein Buchhaltungsprogramm. Buchungen entstehen erst in der Software dahinter. Bei b'steuern richten wir die Toolwahl am Datenfluss aus, nicht an der Gewohnheit. Rechnungen können in einer Shopify-App entstehen, während Belege, Bank und Buchungen in einer anderen Software laufen. Oft ist das sogar das sauberste Setup.

Teuer wird es beim Wechsel: Daten migrieren, Konten neu zuordnen, Regeln neu bauen. Die Daten aus dem alten System musst du trotzdem aufbewahren, Buchungsbelege acht Jahre, Bücher zehn Jahre (§ 147 Abs. 3 AO). Tool-Hopping kostet also nicht nur Zeit, sondern hinterlässt zwei Archive.

Was muss eine Buchhaltungssoftware für einen Onlineshop können?

Sieben Punkte entscheiden: eine Shopify-Anbindung für Bestellungen und Auszahlungen, getrennte Geldkonten je Zahlungsweg, Erlöskonten und Steuersätze pro EU-Zielland für OSS, B2B-Rechnungen mit USt-IdNr., E-Rechnung senden und empfangen, ein GoBD-konformer Export mit Zugang für die Kanzlei und ein Preis, der bei deinem Bestellvolumen noch passt.

1. Shopify-Anbindung, die mehr als Bestellungen kann. Kommt auch die Shopify-Payments-Auszahlung an, zerlegt in Umsatz, Gebühren und Rückerstattungen?
2. Ein Geldkonto pro Zahlungsweg. Shopify Payments, PayPal und, je nach Setup, Klarna zahlen getrennt aus. Auf einem gemeinsamen Konto findest du Differenzen nie wieder.
3. OSS pro Zielland. Übersteigen deine Fernverkäufe an Privatkunden in andere EU-Länder im Vorjahr oder im laufenden Jahr insgesamt 10.000 €, gilt die Umsatzsteuer des Ziellands (§ 3c Abs. 4 UStG). Das Tool braucht dann das Kundenland an jeder Buchung.
4. B2B-Rechnungen mit USt-IdNr. Lieferst du an Firmen in der EU, schreibst du die Rechnung bis zum 15. des Folgemonats, mit deiner und der USt-IdNr. des Kunden (§ 14a Abs. 3 UStG).
5. E-Rechnung senden und empfangen. Empfangen schon heute, senden an deutsche Firmenkunden spätestens für Umsätze ab 2028.
6. Export und Kanzlei-Zugang. DATEV-Export oder direkter Zugang für deine Steuerberatung, Belege GoBD-konform archiviert.
7. Ein Preis für dein Volumen. Rechne Belege und Schnittstellen mit deinem Bestellvolumen in einem Jahr, nicht im ersten Monat.

Und bevor jemand fragt: Eine App, die Shopify-Bestellungen als Rechnungen in dein Tool schreibt, ist noch keine Shopify-Buchhaltung. Auf dem Bankkonto landet eine Auszahlung, kein Umsatz. Wie die Zerlegung bei einem Zahlungsanbieter Schritt für Schritt aussieht, zeigt unser Beitrag zur Stripe Buchhaltung mit Gebühren und Auszahlungen.

Welches Tool passt zu welcher Stufe deines Shops?

Die Stufe entscheidet, nicht die Marke. Beim Start mit Privatkunden in Deutschland reicht ein Tool mit Shopify-Anbindung und Rechnungsstellung. Ab 10.000 € Fernverkäufen in die EU brauchst du OSS mit Steuersätzen pro Land. Mit B2B kommen USt-IdNr., Zusammenfassende Meldung und die E-Rechnung dazu. Bucht deine Kanzlei in DATEV, zählt zusätzlich der Export.

Wie die Stufe die Buchung verändert (SKR03 und SKR04)

Dieselbe Bestellung über 100,00 € netto, dreimal gebucht. Gezahlt wird bei den Privatkunden über Shopify Payments, der Firmenkunde zahlt auf Rechnung.

Drei Bestellungen, drei Erlöskonten, drei Steuerfolgen. Das Tool muss pro Bestellung zwei Dinge wissen: Wohin geht die Ware, und hat der Kunde eine gültige USt-IdNr.? Fehlt eins davon an der Buchung, stimmt die Voranmeldung nicht. Bei b'steuern gilt: OSS ersetzt nicht die Prüfung von Lieferort, Kundenart und möglichen Registrierungen im Ausland. Es bündelt nur die Meldung.

Ehrlich gesagt: Bei einem Shop, der gerade startet, ist Stufe 2 oft erst im zweiten Jahr ein Thema. Das Tool kaufst du aber jetzt.

„Ich würde ein Buchhaltungstool nie danach auswählen, was es am ersten Tag kann. Entscheidend ist, ob es die Daten aus dem Shop vollständig übernimmt und ob die Buchungen am Ende nachvollziehbar sind. Wer das vor dem Start klärt, muss beim ersten Firmenkunden nicht wechseln.“
Florian Gößmann-Schmitt, Steuerberater & Mitgründer, b'steuern

Jede Shopify-Auszahlung von Hand zerlegen? Bei 30 Bestellungen im Monat geht das. Bei 300 bist du selbst die Schnittstelle. b'steuern Automation holt die Daten aus Shopify Payments, trennt Umsätze, Gebühren und Rückerstattungen und bucht sie mit Beleg in BuchhaltungsButler, b'buchen oder Pennylane. Ab 29 € /Monat zzgl. USt., zzgl. einmaliger Einrichtungsgebühr ab 499 €.

Shopify Rechnungen: Reicht Shopify oder brauchst du eine Rechnungs-App?

Für Privatkunden reicht eine PDF-Rechnung, eine E-Rechnungspflicht gibt es dort nicht. Erstellen kann sie eine App aus dem Shopify App Store wie Sufio oder deine Buchhaltungssoftware über ihre Shopify-Anbindung, etwa Lexware Office oder sevDesk. Für Firmenkunden im Inland brauchst du spätestens für Umsätze ab 2028 eine E-Rechnung im Format XRechnung oder ZUGFeRD.

Für B2B im Inland gilt eine Übergangsregel (§ 27 Abs. 38 UStG). Für Umsätze aus 2025 und 2026 darfst du noch Papier oder PDF schicken. Für Umsätze aus 2027 gilt das nur, wenn dein Gesamtumsatz im Vorjahr höchstens 800.000 € betrug. Ab 2028 ist die E-Rechnung Pflicht. Empfangen musst du E-Rechnungen schon seit dem 1. Januar 2025, dafür genügt laut BMF ein E-Mail-Postfach. ZUGFeRD zählt ab Version 2.0.1, ohne die Profile MINIMUM und BASIC-WL.

Für Shops wichtig: Eine Kleinbetragsrechnung bis 250 € brutto darfst du immer als sonstige Rechnung schicken, also als PDF oder auf Papier, auch an Firmen (§ 33 UStDV). Das gilt nicht für Fernverkäufe nach § 3c und steuerfreie Lieferungen nach § 6a. Mehr zur Umstellung steht im Beitrag zur E-Rechnung Pflicht 2027.

Buchhaltungssoftware für Onlineshops im Vergleich: 7 Optionen für Shopify

Für einen Shopify-Shop kommen vor allem sieben Optionen in Frage: eine Rechnungs-App wie Sufio, Lexware Office, sevDesk, BuchhaltungsButler, b'buchen, Pennylane und DATEV Unternehmen online über die Kanzlei. Die Optionen unterscheiden sich darin, ob sie Shopify-Auszahlungen samt Gebühren übernehmen, OSS und B2B abbilden, E-Rechnungen senden und wie deine Kanzlei an die Daten kommt.

Damit du weißt, wer hier schreibt: b'buchen ist die Buchhaltungsplattform von b'steuern auf der Technik von BuchhaltungsButler, und b'steuern Automation bucht Shopify in BuchhaltungsButler, b'buchen und Pennylane. Die Reihenfolge ist deshalb keine Rangliste, sondern geht vom kleinsten Setup zur Kanzlei-Anbindung. Entscheiden soll die Matrix oben.

1. Shopify-Rechnungs-App, zum Beispiel Sufio

Sufio erstellt und versendet Rechnungen automatisch aus Shopify-Bestellungen, auch im ZUGFeRD-Format. Laut Shopify App Store kostet Starter 7 $ für 15 Rechnungen im Monat, Growth 19 $ für 50 Rechnungen mit EU-B2B-Steuerbefreiungen, Professional 49 $ für 5.000 Rechnungen mit Gutschriften aus Rückerstattungen (Stand Oktober 2026).

Passt, wenn: du Rechnungen im Shop erzeugen willst und die Buchhaltung in einem anderen Tool oder bei der Kanzlei läuft. Passt nicht, wenn: du eine Buchhaltung suchst. Eine Rechnungs-App bucht nichts.

2. Lexware Office

Die Shopify-Anbindung überträgt laut Lexware alle Bestelldaten, erstellt daraus Rechnungen, versendet sie und legt Kundenkontakte an. Dein Steuerberater bekommt einen kostenlosen Zugang. Buchhaltung mit EÜR und Umsatzsteuer steckt im Tarif L (21,90 €), EU-Rechnungen im Tarif XL (32,90 €), jeweils im Monat zzgl. MwSt., Stand Oktober 2026. Die Shopify-Seite beschreibt Bestellungen und Rechnungen, nicht die Zerlegung der Shopify-Payments-Auszahlung.

Passt, wenn: du als Einzelunternehmen mit EÜR startest, vor allem in Deutschland verkaufst und selbst buchst. Passt nicht, wenn: du viele Auszahlungen automatisch zerlegt haben willst. Als Ziel für b'steuern Automation ist Lexware Office nur auf Anfrage möglich.

3. sevDesk

Die Shopify-Integration überträgt laut sevDesk alle Bestellungen, erstellt und versendet Rechnungen und ordnet Zahlungseingänge automatisch zu. Dazu kommen ein DATEV-konformer Export und Rechnungen im OSS-Verfahren. Bei monatlicher Abrechnung kosten Rechnung 11,90 €, Buchhaltung 25,90 € und Buchhaltung Pro 34,90 € zzgl. MwSt., mit längerer Laufzeit weniger (Stand Oktober 2026).

Passt, wenn: du Rechnungen und EÜR in einem Tool willst und früh EU-Privatkunden hast. Passt nicht, wenn: deine Kanzlei in BuchhaltungsButler oder Pennylane arbeiten will.

4. BuchhaltungsButler

Die Shopify-Schnittstelle übernimmt laut BuchhaltungsButler alle Zahlungen aus Shopify, bucht die Shopify-Gebühren automatisch als Splitbuchung und gleicht Erlöse mit Ausgangsrechnungen ab. Die Schnittstelle ist ein Add-on für 19,90 € zum Tarif Smart (46,90 €), E-Commerce Smart (84,90 €) enthält eine Schnittstelle. Preise monatlich zzgl. USt., ohne laufende Aktionsrabatte, Stand Oktober 2026. Umsatzsteuer-Voranmeldung und Zusammenfassende Meldung gibt es ab Smart, dazu DATEV-Export und eine direkte Anbindung an DATEV Unternehmen online.

Passt, wenn: du als UG oder GmbH bilanzierst, B2B in der EU planst und deine Kanzlei mit oder ohne DATEV arbeitet. Passt nicht, wenn: du nur wenige Bestellungen im Monat hast. Dann ist die Shopify-Schnittstelle der teuerste Teil deiner Buchhaltung.

5. b'buchen

b'buchen ist unsere eigene Plattform auf der BuchhaltungsButler-Technik, nutzbar auch ohne Mandat bei b'steuern. Shop-Schnittstellen wie Shopify, Bilanz und komplexe Umsatzsteuer mit § 13b und innergemeinschaftlichen Lieferungen stecken im Tarif Pro: 39 € im Monat, bei jährlicher Abrechnung 34 €, netto, Stand Oktober 2026. Der EÜR-Tarif Solo hat keine Shop-Schnittstelle. Mehr dazu im Beitrag b'buchen ist da.

Passt, wenn: du die BuchhaltungsButler-Logik mit Shopify-Anbindung zum festen Preis willst. Passt nicht, wenn: deine Kanzlei ausschließlich in DATEV Unternehmen online arbeitet.

6. Pennylane

Pennylane verbindet Rechnungen, Buchhaltung und Geschäftskonto, deine Kanzlei arbeitet in Echtzeit im selben System. E-Rechnungen entstehen im ZUGFeRD-Format, eingehende werden automatisch verarbeitet. Shopify ist auf der deutschen Website als Integration gelistet. Einen öffentlichen Preis für Deutschland zeigt die Website nicht (Stand Oktober 2026), also Preis auf Anfrage.

Passt, wenn: deine Kanzlei bereits mit Pennylane arbeitet. Passt nicht, wenn: du vor dem Start einen festen Listenpreis vergleichen willst.

7. DATEV Unternehmen online über die Kanzlei

Bucht deine Kanzlei in DATEV, richtet sie dir DATEV Unternehmen online ein, der Preis läuft über die Kanzlei. Für Shopify gibt es den DATEV Datenservice Zahlungsdienstleister: Er übernimmt die Zahlungsdaten, ordnet sie Rechnungen zu und liefert Buchungsvorschläge, laut DATEV-Marktplatz ab 10,00 € im Monat (Stand Oktober 2026). Daneben gibt es spezialisierte Integrations-Tools für Shopify zu DATEV.

Passt, wenn: deine Kanzlei in DATEV bucht und du dort bleiben willst. Bei b'steuern gilt kein DATEV-Zwang, in beide Richtungen. Passt nicht, wenn: du selbst in einer Oberfläche buchen, Rechnungen schreiben und auswerten willst.

Shopify-Buchhaltung automatisieren: die Schicht über dem Tool

b'steuern Automation ersetzt keine Buchhaltungssoftware, sondern verbindet Shopify mit ihr. Die Integration holt die Daten aus Shopify Payments, zerlegt jede Auszahlung in Umsatz, Gebühren und Rückerstattungen und bucht sie mit Beleg in BuchhaltungsButler, b'buchen oder Pennylane. Lexware Office ist auf Anfrage möglich, DATEV nur, wenn du es willst.

Ein Mandat bei b'steuern brauchst du dafür nicht. Was nicht Standard ist, sagen wir vorher: Verkäufe innerhalb Deutschlands sind Standard. OSS und Auslandsverkäufe an Unternehmen klären wir im Setup-Check, dafür kommt ein Aufpreis dazu. PayPal als Zusatz zur Shopify-Integration ist in Vorbereitung. Details stehen auf der Seite zur Shopify-Integration.

Ehrlich: Lagerst du über Amazon FBA in mehreren Ländern oder ist DATEV Unternehmen online gesetzt, nimm ein spezialisiertes Integrations-Tool. Das ist dort heute schneller. Und wer für Umsatzsteuer und Jahresabschluss eine Kanzlei sucht, die Onlinehändler kennt, findet sie unter Steuerberatung für Onlinehändler.

Fazit: Welches Tool für deinen Shopify-Shop?

Für einen Shopify-Shop, der mit Privatkunden in Deutschland startet und B2B später nicht ausschließt, wählst du die Buchhaltungssoftware nach der Stufe, die in zwei Jahren realistisch ist: Shopify-Anbindung mit Auszahlungen, OSS pro Zielland, B2B-Rechnungen mit USt-IdNr., E-Rechnung und ein Zugang, mit dem deine Kanzlei arbeitet. Dann sparst du dir den Wechsel mitten im Wachstum.

Für den Gründer aus der Mail heißt das: eine Rechnungs-App mit ZUGFeRD und EU-B2B, dazu ein Buchhaltungstool, das Shopify-Auszahlungen samt Gebühren übernimmt und OSS kann. Welches, entscheidet deine Kanzlei mit. Die beste Buchhaltungssoftware für deinen Online Shop ist nicht die mit den meisten Funktionen. Es ist die, die du beim ersten Firmenkunden nicht wechseln musst.

Setup-Check für deinen Shopify-Shop: Kommt Shopify Payments bei dir als eine Auszahlung pro Woche aufs Konto, und weißt du, welche Bestellungen, Gebühren und Rückerstattungen darin stecken? Wenn nicht, ist genau das die erste Frage im Setup-Check. Passt es, läuft die Buchung künftig automatisch in deinem Tool, mit oder ohne DATEV, ab 29 € /Monat zzgl. USt., zzgl. einmaliger Einrichtungsgebühr ab 499 €. Zum kostenlosen Setup-Check